João Nepomuceno nasceu por volta de 1330 – 1345 em Nepomuk, num dos vales da Boêmia, atual República Tcheca, numa família pobre.
Em 1370, trabalhava como notário na Cúria Metropolitana, e em 1379 foi ordenado sacerdote. Como pároco de São Gall (São Galo), acumulou o estudo de Direito Eclesiástico na Universidade de Praga, obtendo o Bacharelado.
Enviado pelo bispo a Pádua, Itália, em 1382, doutorou-se em Direito Canônico em 1387, voltando em seguida a Praga onde foi cônego da igreja de São Gil (São Giles, Santo Egídio) até 1389, e em 1390 foi nomeado cônego honorário da Catedral de São Vito e vigário geral desta arquidiocese, extensa e importante.
Seus sermões levaram a uma significativa melhora nos costumes do povo, e impressionaram a rainha, que o chamou por isso e por sua conhecida virtude e segurança doutrinária a ser seu confessor e diretor espiritual.
O rei Venceslau IV, porém, não possuía a espiritualidade da esposa, e tinha acessos de fúria violentos. De maneira infundada, começou a desconfiar da fidelidade da esposa. Como não obtivesse provas disso, e obcecado pela ideia, convocou João e o intimou a lhe contar as confissões da rainha. João, espantado tanto pela suspeita quanto pelo pedido, naturalmente negou-se, de forma categórica, a divulgar os segredos de confissão, invioláveis, da soberana (e de qualquer outra pessoa), como exige a define a Igreja.
Enraivecido, Venceslau mandou que o sacerdote fosse torturado, mas mesmo depois de violências brutais João não cedeu. Ainda mais furioso ficou o rei, e entendendo que não conseguiria forçar João, mandou amarrá-lo e jogá-lo no rio Vltava (Moldava), o que foi feito da Ponte Carlos, a mais importante e famosa de Praga. Assim, João Nepomuceno morreu afogado na noite de 20 de março de 1393. O corpo foi achado e dignamente sepultado na igreja de Santa Cruz.
Em 1725 foi feita a sua exumação, diante do Arcebispo de Praga, dignidades eclesiásticas, um professor de Medicina e dois cirurgiões. Constatou-se que a língua estava apenas ressequida, mas extraordinariamente conservada: e, naquele mesmo momento, diante dos presentes, ela começou a se refazer, adquirindo a coloração rósea própria de uma pessoa viva!
Este milagre constou do processo de canonização de São João Nepomuceno, o primeiro mártir do segredo da Confissão, e patrono contra as calúnias, bem como padroeiro dos Confessores e da cidade de Praga.